GKEの負荷テストでクラスタオートスケーラの動作を確認しようとしたときタイトルの問題がおこりました。
ノード自動プロビジョニングを無効化することで解決しました。
詳細
クラスタ編集ページを見るとわかるように、ノード自動プロビジョニング機能はベータ版機能です。
断定できませんが、バグが有り、ノード自動プロビジョニングを有効にすると、その機能が追加したノードプールのみがスケーリングし、ユーザが設定した既存のノードプールは一切スケーリングしなくなります。
原因を特定できずに右往左往して、もしやと思いこの機能を無効化すると、既存のノードプールがオートスケールするようになりました。
もし同様の問題で困っている方の助けになれば幸いです。